«Музей истории школы» был открыт 22 апреля 1987 года, в День школы. В архиве хранятся документы, начиная с дореволюционного времени, солдатские письма с фронта, воспоминания и фотографии выпускников разных лет. С момента своего создания музей является центром патриотической работы школы. В нём проводятся Уроки Мужества, классные часы, окружные и краевые семинары, педагогические советы. В течение года организуются тематические экскурсии, посвященные юбилейным датам истории нашей страны. В музее несколько экспозиций: первая посвящена истории школы, начиная с 1886 года до наших дней. Вторая – выпускникам, ученикам и учителям школы, воевавшим в годы Великой Отечественной войны. Третья – работе школы в 50-90-е годы.
Патриотическое воспитание учащихся – одна из задач нравственного воспитания, включающая в себя воспитание любви к школе, к родному городу и стране. Задача музея создать условия для социальной адаптации учащихся через систему краеведческой работы в гимназии, культивировать интерес у детей и подростков к отечественной истории и культуре, формировать у подрастающего поколения духовность, нравственность, готовность и способность отдать силы и энергию на благо общества и государства.
Ежегодно избирается Совет музея и экскурсионная группа, которая проводит тематические экскурсии. В начале сентября учащихся первых классов знакомят с историей школы в музее.
Работает краеведческая группа «Поиск», ведущая исследовательскую и поисковую работу об истории школы и выпускниках. На базе музея создан клуб по интересам «Оратор», в котором учащиеся старших классов обучаются методам и приёмам ведения дискуссий, обсуждают волнующие молодёжь проблемы.
К 70-летию Победы силами учащихся, родителей, администрации города и учителей была произведена реконструкция Обелиска учителям и ученикам школы, погибшим в боях Великой Отечественной войны. Памятник был построен еще в 1975 году по инициативе выпускников школы.
В 2015 году Совет музея изготовил Знамена Победы, с которыми ежегодно каждый класс выходит на школьный Митинг, посвященный Дню Победы.
Учащиеся и учителя гимназии провели огромную поисковую работу по сбору фотографий и увековечиванию имён участников Великой Отечественной войны, размещая фотографии своих родственников на «Стене Памяти». Наша гимназия предоставила городу «Стену Памяти», состоящую из 8 баннеров по 63 фотографии на каждом.
К 130-летию школы в 2016 г. Управляющий совет гимназии, куда входят родители, учащиеся и учителя, изготовили и установили в музее мемориальную доску с фамилиями героев Советского Союза - выпускников Александра Разгонина и Григория Андрющенко.
К 135-летию гимназии, 22 апреля 2021 года, творческой группой, в которую вошли учителя и ученики гимназии, был создан фильм «Воспоминания для будущего». В фильме реконструировались события начала 20 века: создание пионерской организации в школе, стройка сцены в актовом зале школы, участие в первомайских демонстрациях и др. Учащиеся взяли интервью у педагогов, которые помнят, как школа получила статус гимназии и иностранные языки стали преподавать с 1 класса, а завершался фильм выступлением сводного хора гимназии, в котором в настоящее время поют и учащиеся всех параллелей, и учителя.
Фильм «Воспоминания для будущего»
С 20 сентября до 15 октября 2021 года проводился региональный этап Всероссийского конкурса школьных музеев. Организатором регионального этапа конкурса являлось министерство образования Ставропольского края.
МБОУ гимназия № 103 г. Минеральные Воды участвовала в номинации «Лучший экскурсовод музея образовательной организации». На конкурс была представлена видеоэкскурсия ученицы 11 класса Анны Дельяниди «Начало большого пути». Она подготовила экскурсию с периода образования учреждения, когда было открыто двухклассное мужское железнодорожное училище, до конца 20-х годов XX века.
Руководителем этого проекта была И.В. Епифанцева, которая в настоящее время является руководителем школьного музея.
Экспонатами для подготовки и проведения экскурсии служили исследовательские работы учащихся 11-х классов: макет школы и школьная форма конца 19 века. Историческими источниками для подготовки экскурсии стали «Отчет деятельности образовательных учреждений Владикавказской железной дороги» и воспоминания выпускников школы начала 20 века.
По итогам заочного регионального этапа конкурса Анна Дельяниди заняла I место.
Фильм «Начало большого пути»
15 февраля 2022 года учащаяся 8Г класса Сикорская Полина участвовала в муниципальном конкурсе видеороликов «Ставрополье в годы Великой Отечественной войны, которая сняла фильм «Труженикам тыла посвящается». Фильм снят по архивным материалам Северо-Кавказской железной дороги, музея истории школы, музея вагонного депо станции Минеральные Воды, так как многие выпускники школы работали на железнодорожной станции и история школы неразрывно связана с историей железндорожной станцией Минеральные Воды. Сикорская Полина стала победителем этого конкурса.
В марте 2022 года учащаяся 10 класса Середа Дарья завоевала 2 место в муниципальном этапе Всероссийского туристско-краеведческого движения «Отечество» с исследовательской работой «История образовательного учреждения»